犯罪嫌疑人或者被告人认罪认罚后又反悔应当如何处理，是认罪认罚从宽制度适用中不得不面对的“特殊的制度困扰”。对此，首先应当明确的是，犯罪嫌疑人或者被告人有权反悔和撤回认罪认罚的承诺。
一般而言，认罪认罚从宽制度下，犯罪嫌疑人、被告人在与检察机关沟通协商达成一致意见基础上，自愿认罪认罚并签署具结书，实质上是在个人与检察机关之间达成的合意。根据契约精神，控辩双方均应当受协议内容的约束，有义务配合推动协议的履行。
但这种约束对控辩双方来讲，其效力并不一样，对代表公权一方的检察机关的约束远大于对被告人个体的约束。具体表现为，检察机关原则上不得撤销协议内容，除非被告人首先不履行其在具结书中承诺的内容，或者据以签署具结书的事实、情节等发生重大变化；而被告人在法院判决前，均可反悔。被告人在法院审理程序终结前可以随时撤销具结书，而检察机关只有在证明被告人违反协商协议时，方可提出撤销协议的申请。法院应当受其约束，另行程序进行审理。
当然，审判阶段，被告人反悔后还可以在充分了解享有权利和认罪认罚可能导致法律后果的基础上重新认罪认罚，从而继续适用认罪认罚从宽制度，也可以因反悔而不适用认罪认罚从宽制度。法院判决后，被告人发现自己系基于错误认识而认罪认罚的，可以依法提出上诉，或者向人民检察院和人民法院申诉。
由此可见，犯罪嫌疑人或者被告人认罪认罚后反悔有多种表现情形。从反悔阶段看，有起诉前即反悔和审判时反悔；从反悔类型看，有检察机关作出不起诉决定后反悔和法院判决后反悔而上诉或者申诉，等等。犯罪嫌疑人或者被告人认罪认罚后反悔如何处理，需要区分情况。
不起诉后反悔的处理。《人民检察院刑事诉讼规则》（下称《规则》）第278条对检察机关作出不起诉决定后犯罪嫌疑人反悔如何处理作出了规定。需要把握五点：
一是此处不起诉的反悔，是指对犯罪嫌疑人认罪认罚，人民检察院依照刑事诉讼法第177条第2款作出不起诉决定后，犯罪嫌疑人反悔的情形。
二是人民检察院应当对反悔进行审查，根据审查情况区分处理。
三是发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者符合刑事诉讼法第16条规定的情形之一的，应当撤销原不起诉决定，依法重新作出不起诉决定。犯罪嫌疑人没有犯罪事实或者符合刑事诉讼法第16条规定的不追究刑事责任情形之一的，是绝对不起诉适用的前提条件，即使犯罪嫌疑人认罪认罚，检察机关也应当作出绝对不起诉决定。
四是认为犯罪嫌疑人仍属于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，可以维持原不起诉决定，此类案件犯罪嫌疑人反悔撤回认罪认罚承诺，原不起诉决定依然可以适用。
五是排除认罪认罚因素后，符合起诉条件的，应当根据案件具体情况撤销原不起诉决定，依法提起公诉。
相对不起诉中对情节轻微的判断，需要结合案件具体情况来判断，认罪认罚是一个重要考虑因素。对本应提起公诉，但因犯罪嫌疑人认罪认罚，检察机关综合犯罪性质、情节、后果等因素，而作出相对不起诉决定后，犯罪嫌疑人反悔的，原本享有从宽优惠的前提即不复存在，此时，检察机关可以撤销原不起诉决定，依法提起公诉。这也是犯罪嫌疑人无故反悔应当承受的代价。
起诉前反悔的处理。犯罪嫌疑人认罪认罚，签署认罪认罚具结书，在人民检察院提起公诉前反悔的，具结书内容失效，人民检察院应当在全面审查事实证据的基础上，依法提起公诉。起诉前反悔，首先带来的后果是具结书内容失效，因为具结书本质上是控辩双方达成的一种协议，犯罪嫌疑人反悔相当于一方违约，此时协议自然失效；二是人民检察院应当全面审查事实证据，依法提起公诉。因犯罪嫌疑人反悔，原本的从宽处罚建议失去了存在基础，人民检察院可以综合犯罪事实、情节、性质等重新提出量刑建议。
审判阶段反悔的处理。案件审理过程中，被告人反悔不再认罪认罚的，如何处理，需要把握两点：一是因被告人反悔，可能直接带来程序的转换。对适用速裁程序或者简易程序审理的案件，被告人反悔不再认罪认罚的，应当转换成合适的程序审理。二是被告人可能无法享有原本的从宽优惠。人民法院应当根据审理查明的事实，依法作出裁判。
判决后反悔上诉的处理。当前实践中争议较大的一个问题是法院采纳检察机关从宽建议作出一审判决后被告人又上诉，检察机关能否抗诉的问题。考虑到这一问题的复杂性，“两高三部”的《关于适用认罪认罚从宽制度的指导意见》和修订后《规则》均未提出具体意见，拟在下一步出台专门文件予以明确和规范。尽管如此，在2019年8月全国检察机关刑事检察工作会议和2019年11月的检法同堂培训班上，最高检对这一问题如何处理给出了相对明确的指向和要求。
第一，应当明确被告人的上诉权不可剥夺。上诉权是被告人的基本诉讼权利，虽然被告人上诉使认罪认罚制度的效率价值大为减损，但保障上诉权是程序公正的基本要求，是结果公正的救济途径，也是认罪认罚从宽制度可持续发展和良好运行的保证。只有保障被告人对于认罪认罚反悔上诉的权利，才能使其拥有对审判程序和诉讼结果的自由选择权，进而对最终的裁判结果不产生抵触情绪，坚定其选择认罪认罚程序的决心，增强其对认罪认罚结果的接受度。
第二，检察机关应当秉持客观公正的立场稳妥把握认罪认罚案件的抗诉问题。对认罪认罚案件，对人民法院采纳检察机关量刑建议对被告人依法从宽处罚后，人民检察院发现案件认定事实、采信证据等方面确有错误，或者人民法院改变检察机关量刑建议确有错误的，应当依法提出抗诉，这也是刑事诉讼法的明确要求。
其次，对被告人否认指控的犯罪事实、不积极履行具结书中赔礼道歉、退赃退赔、赔偿损失等义务以及以量刑过重为由，而提出上诉，符合抗诉条件的，检察机关应当依法提出抗诉。特别是现阶段对检察机关提出精准量刑建议，法院采纳后被告人无正当理由上诉的，原则上应当提出抗诉。
因为对被告人从宽处理的重要原因之一，就是被告人认罪认罚给司法资源节约和司法效率提高都带来了好处，也给被告人带来了实实在在的量刑优惠，其无正当理由上诉这一行为不但违背了具结、恢复到不认罪认罚的被追诉状态，而且引起了本不必要的二审程序，浪费了司法资源，使得已经解决案件的司法成本变得更加高昂，也表明其不是发自内心地尊重司法机关的裁决，而是抱有一种投机心理、侥幸心理，不是真诚的悔罪悔过。
从本质上讲，被告人无正当理由的上诉，既与立法创制认罪认罚从宽制度的初衷相悖，更不是司法机关积极实施这一制度所期待的诉讼效应，检察机关提出抗诉绝非仅仅为了加重少数上诉人的刑罚，而是通过抗诉的方式引导被告人形成尊重认罪认罚具结和承诺的自觉，从而减少无谓的上诉和不必要的二审程序，助推认罪认罚从宽制度的良性运行。当然，对检察机关提出幅度量刑建议，法院在幅度中线或者上线量刑后，被告人上诉的，则不宜抗诉。
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