二者的区别在于妨害公务罪侵犯的客体是刑法规定的四类人员的公务活动。而寻衅滋事罪侵犯的客体是公共秩序。
从客观方面看，前者主要表现为以暴力、威胁的方法阻碍国家机关工作人员、人大 代表。红十字会工作人员依法执行职务，或故意阻碍国家安全机关、公安机关依法执行国家安全工作任务，虽未使用暴力、威胁方法，但造成严重后果的行为的。而后者主要表现为肆意挑衅，无事生非，起哄闹事，进行骚扰的破坏行为。
而从主观方面看，前者是具有妨害公务的故意，而后者的故意往往表现为多种。
二、妨害公务罪的认定
1、划清妨害公务罪与人民群众抵制国家工作人员违法 乱纪行为的界限。极少数国家机关工作人员，在执行公务过程中，假公济私，滥用职权，违法 乱纪，损害群众的利益，引起公愤，群众对之进行抵制、斗争是应当支持、引导的。
2、划清妨害公务罪与人民群众因提出合理要求，或者对政策不理解或者态度生硬而与国家机关工作人员发生争吵、围攻顶撞、纠缠行为的界限。群众围攻、顶撞国家工作人员，通常是由于群众对国家工作人员依法宣布的某项政策、决定、措施不理解，有意见，向国家工作人员提出质问，要求说明、解释、答复、由于情绪偏激、态度不冷静、方法不得当而形成的对国家工作人员的围攻、顶撞行为。在围攻、顶撞过程中，常伴有威胁性语言和类似暴力的推擦、拉扯行为，在客观上妨害了公务。
实践中，对于情节显著轻微、危害不大的妨害公务行为，例如某些人为满足自己的不合理要求而对正在执行职务的工作人员进行了谩骂，若手段强制性不明显，一般不应作为犯罪论处。另外，故意阻碍国家安全机关、公安机关依法执行国家安全工作任务，未造成严重后果的，也不应以犯罪论处。
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相关内容：妨害公务罪怎样算是造成严重后果
在现实生活中出现了许多妨碍公务的行为，由于人们的认识不够，有的妨碍公务的行为造成了比较严重的后果，给受害人带来了非常重大的损失。那么妨碍公务罪怎么样算是造成严重后果?这是大家所不明白的。下面优律师为你解答。
一、妨碍公务罪怎样算造成严重后果
妨碍公务罪中的造成严重，这里的严重后果，不仅指行为人的行为对国家工作人员的身体造成重大的伤害，还指行为人的行为导致国家工作人员的行动失败，而后产生的其他附带严重后果。
例如，行为人对正在依法执行职务的国家工作人员的身体实施了暴力打击或者人身强制，如殴打行为、捆绑行为等。如果行为人的暴力行为造成国家机关工作人员重伤结果或因重伤导致死亡结果，甚至故意杀害国家机关工作人员的，应按想象竞合的原则，以重罪吸收轻罪，按故意伤害(重伤)罪或者故意杀人罪定罪，从重处罚(一个行为，数个罪名，想象竞合)。 这些行为后果都是属于造成了严重的后果。
例如，当国家公务人员在解救被拐卖的妇女、儿童时，行为人(不是拐卖等人员)运用暴力等手段阻止国家工作人员解救被拐卖的妇女儿童，导致解救行动失败，并且别拐卖的妇女、儿童身体受到了重大伤害或者死亡的，这也是属于造成严重后果。
二、妨碍公务罪表现的几种形式。
1、以暴力或者威胁的方法阻碍国家机关工作人员依法执行职务的行为。以暴力、威胁方法阻碍各级人民代表大会代表执行代表职务。
2、在自然灾害和突发事件中，以暴力、威胁方法阻碍红十字会工作人员依法履行职责。
3、故意阻碍国家安全机关、公安机关依法执行国家安全工作任务，未使用暴力、威胁方法，但造成严重后果的。
行为人必须是采取暴力或者以暴力相威胁的方法。如果行为人并未采用暴力或威胁方法，而是用其他方法干扰国家机关工作人员执行职务，例如谩骂、吵闹等行为，虽然对执行职务有一定程度的妨害，但也不能构成本罪。对此种行为可以批评教育，或进行治安管理处罚，其情节恶劣者，则可能构成侮辱罪或其他犯罪。
妨碍公务罪中的造成严重后果很广，这是法官在一定标准下的自由裁量权，根据具体情况看是否是造成严重后果。每件妨碍公务的行为其造成的结果不同，其是否是造成了严重后果要根据，国家公务人员在做什么，妨碍行动导致了什么样的结果来决定。有可能在这件上一样的行为不会造成严重后果，但是在别的事情上就可能是严重后果。以上是的个人观点，不代表官方观点，如果要想知道更为明确具体的答案，你可以电话咨询我们优律师的专业律师，他们能为你更好的解答。
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