(一)设置体系不同
一般自首与准自首仅规定于刑法典总则中，而特别自首制度则是由刑法典分则所自行设立和规定的。
(二)效力范围不同
一般自首和准自首制度因规定于刑法总则而具有适用效力上的普遍性，从而适用于刑法分则和特别刑法所设置的一切罪种，而特别自首却只适用法定化的特定罪种，目前仅限于受贿罪的三种外围犯罪;在对于上述三种特定罪行的适用上，虽然存在个别情况下适用总则关于自首的规定，但是大多数情况下却是直接排除了一般自首与准自首适用于此类犯罪的可能性。
(三)适用对象不同
一般自首适用于人身自由未受到剥夺、存在投案条件的所有犯罪人;准自首仅适用于被采取强制措施的犯罪嫌疑人、被告人和正在服刑的罪犯;特别自首则适用于犯有对公司和企业人员行贿罪、行贿罪或者介绍贿赂罪的特定犯罪人。
(四)成立条件不同
一般自首的成立须同时具备自动投案和如实供述自己的罪行两个条件;准自首的成立须以上述适用对象的犯罪人主动供述其尚未被司法机关掌握的本人其他罪行为条件;特别自首的成立须以上述适用对象的三类犯罪人在被追诉前主动交待其所犯的对公司和企业人员行贿罪、行贿罪或者介绍贿赂罪为条件。
(五)处罚原则不同
对于成立一般自首和准自首的犯罪人，刑法规定可以从轻或者减轻处罚，其中罪行较轻的，可以免除处罚;对于成立特别自首的犯罪人，刑法规定可以减轻处罚或是免除处罚。即刑法分则规定的特别自首从宽处罚的程度一般要大于总则规定的自首。
(六)立法导向不同
刑法总则所设立的一般自首和准自首，是针对所有犯罪和适用于所有犯罪人的;而刑法分则所规定的特别自首制度，则是根据我国的现实国情而针对特定犯罪和特定犯罪人的，设立的目的在于鼓励实施从罪的犯罪人自首，借以打击性质和危害更为严重的相关主犯罪。当前限定为附属于受贿型犯罪的从属性犯罪，即上述三类特定的行贿和介绍贿赂之犯罪。
综合上面所说的，特别自首和一般自首都是属于如实的供述自己的犯罪实事，但对于这两种是属于完全不同的自首情节，特别自首是犯罪嫌疑人已经被采取了强制措施而供出司法机关还未掌握的信息；而一般自首是针对于犯罪者还未被证实而自动的投案；这完全是属于两种不同的自首方式。
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相关内容：特别自首的认定是怎样的
一、特别自首的认定是怎样的
1、根据《刑法》第六十七条第二款的规定，被采取强制措施的犯罪嫌疑人、被告人和已宣判的罪犯。
2、被采取强制措施的犯罪嫌疑人、被告人和已宣判的罪犯，如实供述司法机关尚未掌握的罪行，与司法机关已掌握的或者判决确定的罪行属同种罪行的，可以酌情从轻处罚;如实供述的同种罪行较重的，一般应当从轻处罚。
(1)未掌握罪行
1、所谓"还未掌握",是指司法机关尚不知道犯罪发生，或者虽然知道犯罪发生，但不知道犯罪人是谁以及虽有个别线索或证据使司法机关对某人产生怀疑，但还不足以据此将其确定为犯罪嫌疑人。
2、从诉讼的角度讲，这里的"还未掌握"实际上是指"没有确实证据证明".在司法实践中，根据司法机关掌握案件的线索和证据能否确定作案人可能犯某罪，是判断罪行被掌握与否的重要标准。
3、"还未掌握"与"已经掌握"界限不清时，应当疑罪从轻，即认定为"还未掌握".
(2)已掌握罪行
1、"已掌握的罪行"必须是依照法律规定构成犯罪的行为。
2、根据我国刑事诉讼法第12条的规定："未经人民法院依法判决，任何人都不得确定有罪".是否属于"罪行"必须经人民法院依法审理判决认定。
3、人民法院经审理判决不予认定或宣告无罪的，尽管侦查机关和检察机关已经掌握并作为涉嫌犯罪予以立案侦查和批捕起诉，也不属于"已掌握的罪行".
二、特别自首与一般自首有哪些区别
特别自首与一般自首是自首的两种类型划分，都是可以宽大处理的量刑情节。两者的区别主要如下：
1、适用对象不同。一般自首适用于人身自由未受到剥夺、存在投案条件的所有犯罪人;特别自首仅适用于被采取强制措施的犯罪嫌疑人、被告人和正在服刑的罪犯。
2、成立条件不同。一般自首的成立须同时具备自动投案和如实供述自己的罪行两个条件;特别自首的成立须以上述适用对象的犯罪人主动供述其尚未被司法机关掌握的本人其他罪行为条件。
特别自首区别与一般自首，虽然都是属于自首中的具体情形，不过在实际的要求上面还是有一些差异。其中对于特别自首，若是可以诚实的告诉司法机关尚未掌握的罪行，那此时可以酌情从轻作出处罚。而要是如实供述的同种罪行较重的，这种情形就是应当从轻作出处罚。
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