非法行医的非法所得计算，通常包括因非法行医行为所获取的全部收入。这涵盖了诊疗费、药品销售收入、手术费等直接从医疗服务中获取的款项。在计算时，应以实际收到的金额为准，不论其是否有正规的账目记录。如果存在通过欺诈、误导等手段获取的额外费用，也应计入非法所得。但已用于合法支出的部分，如购买必要的医疗器械、药品成本等，一般会在计算时予以扣除。需要注意的是，对于非法行医非法所得的具体认定，会综合考虑多种因素，包括交易记录、证人证言、当事人陈述等证据来准确计算。
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