在留置后被认定无罪的情况下，申请赔偿需遵循一定程序。首先，当事人应向作出留置决定的机关提出赔偿申请，明确阐述案件情况及无罪认定的依据等。该机关在收到申请后，会对相关材料进行审查，包括留置程序的合法性、证据的可靠性等。若经审查认为符合赔偿条件，将依法作出赔偿决定，并支付相应的赔偿金。若当事人对赔偿决定不服，可在规定期限内向其上一级机关申请复议。复议机关会对案件进行重新审查，作出复议决定。若仍有异议，还可通过司法途径，向法院提起行政赔偿诉讼，由法院进行最终裁决。
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