若补充侦查超过期限，应按如下方式处理：首先，对于公安机关补充侦查的案件，补充侦查以二次为限。若二次补充侦查后，人民检察院仍认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。其次，在审查起诉阶段，人民检察院对案件进行审查时，若发现需要补充侦查，可自行侦查，也可退回公安机关补充侦查。若补充侦查超过期限，影响到案件及时审结的，人民检察院应根据具体情况，与公安机关进行沟通协调，督促其尽快完成补充侦查工作。若因补充侦查超期导致案件无法在法定期限内审结，相关司法机关应采取措施保障犯罪嫌疑人的合法权益，如变更强制措施等。同时，超期补充侦查的情况应记录在案，作为对司法工作进行监督和评估的依据，以促进侦查机关提高工作效率，严格依法办案，确保司法程序的公正与高效。
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