取保候审超过一年后，案件应按以下方式处理：首先，应当及时解除取保候审措施。根据相关规定，取保候审最长不得超过十二个月。期限届满或者发现不应当追究犯罪嫌疑人、被告人刑事责任的，应当及时解除取保候审。解除取保候审，应当及时通知被取保候审人和有关单位。解除后，被取保候审人在取保候审期间遵守规定的，其保证金应当及时退还。对于案件本身，若侦查机关认为犯罪事实清楚，证据确实、充分，应当依法移送审查起诉。检察院会对移送的案件进行审查，决定是否提起公诉。若发现存在证据不足等不符合起诉条件的情形，可能作出不起诉决定。若案件已进入审判阶段，法院将依据事实和法律作出有罪或无罪的判决。整个过程严格按照法定程序进行，以确保司法公正和当事人合法权益得到保障。
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