两者存在诸多相同之处，如都妨害了社会管理秩序，都以违反有关行政法规的规定为前提，都有引起传染病传播或有传播严重危险的后果，犯罪主体均为一般主体，主观方面皆出自过失，等等。两罪的主要区别在于：
(1)犯罪的直接客体不同。前者侵犯的主要是国境卫生检疫的管理制度;而后者侵犯的是国家关于传染病防治的管理制度。
(2)违反的行政法规不同。前者违反的是国境卫生检疫法的有关规定;后者违反的是传染病防治法的有关规定。
(3)危害结果不同。前者引起了鼠疫、霍乱、黄热病、艾滋病等检疫传染病传播或者有传播严重危险;后者则是引起了鼠疫、霍乱等甲类传染病的传播或者有传播严重危险。
无论是中国公民，还是外国公民，或者无国籍人，只要在出入我国国境的过程中实施妨害国境卫生检疫的犯罪行为，都应当适用我国法律，适用统一的司法标准，依法追究刑事责任。如果行为人既有拒绝执行国境卫生检疫机关检疫措施的行为，又有在入境后拒绝执行卫生防疫机构防控措施的行为，同时构成妨害传染病防治罪和妨害国境卫生检疫罪的，一般应当依照处罚较重的规定定罪处罚。
从上面的内容中我们可以知道，如果遇到妨害国境卫生检疫罪与妨害传染病防治罪的区别的问题我们应该知道怎样去处理了。实际生活中我们可能会面对很多法律方面的问题，因此我们更应该多多了解一些法律方面的知识，才能够在面临这些问题的时候更好的通过法律去解决。本文所提供的法律知识内容仅供参考，如果还有其他问题可以点击下方“立即按钮”咨询专业律师的帮助。
北京刑事律师王学强法学理论功底扎实 ，工作认真细致 ;与法学界联系广泛 、密切，紧密结合法律理论和实务;对重大疑难的案件诉讼经验丰富 诉讼技巧运用娴熟。 执业以来办理了众多典型疑难案件和复杂法律事务 ，中央电视台《今日说法》 、《焦点访谈》，北京电视台《法制进行时》、《北京时间》以及《法制日报》、《民主与法制》 、《凤凰网》、《中国网》等都曾进行过多次报道和介绍 。关于妨害国境卫生检疫罪与妨害传染病防治罪的区别的更多法律问题，可以咨询强律网北京刑事律师。
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