若法院已作出判决，但在份额协商方面未能达成一致，可采取以下措施。首先，依据法院的判决内容，明确各方应享有的份额比例。若一方拒绝按照判决履行，另一方可以向法院申请强制执行。法院会根据判决的具体要求，对相关财产或权益进行处置，以确保判决的执行。其次，在申请执行过程中，双方仍可尝试通过调解等方式解决份额争议，以避免进一步的法律程序和矛盾激化。如果调解无法达成一致，法院将依法采取强制手段，保障胜诉方的合法权益。总之，尽管法院已判决，仍需积极采取措施确保份额问题得到妥善解决。
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