同性之间若存在强奸行为，是应当立案的。强奸罪所侵犯的客体是女性的性自主权等权利，在同性强奸案件中，虽然性别相同，但同样可能存在违背他人意愿，以暴力、胁迫或其他手段强行与他人发生性关系的情况。只要符合强奸罪的构成要件，包括行为主体达到刑事责任年龄且具有刑事责任能力，实施了暴力、胁迫等手段，违背了对方意志等，公安机关就应当予以立案侦查，依法追究犯罪嫌疑人的刑事责任，以维护社会秩序和公民的人身权利。
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