若证据不足且犯罪嫌疑人拒不承认，司法机关将依据法定程序处理。首先，侦查机关会进一步补充侦查，尽力收集更多能证明犯罪嫌疑人有罪或无罪、罪轻或罪重的证据。若经过补充侦查后，证据仍不符合起诉条件，检察院可能会作出不起诉决定。在审判阶段，若证据不足，法院应作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。对于犯罪嫌疑人拒不承认的情况，司法人员会结合全案证据进行综合判断，不能仅凭其口供定罪。会通过审查其他间接证据之间的关联性、合理性，形成完整的证据链条来认定事实。同时，也会充分保障犯罪嫌疑人的合法权益，确保整个司法过程依法依规进行，以实现司法公正，既不放纵犯罪，也不冤枉无辜。总之，证据不足且犯罪嫌疑人拒不承认时，司法机关会严格遵循法律程序，审慎作出处理决定。
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